內容共收錄 4,339 種植物之學名、形態描述、檢索、引證標本、分佈地區、相關文獻、插圖照片，總名錄及索引等。其中有 4,077 種原產於臺灣，1,067 種為臺灣特有，未見於世界其他地方，262 種為歸化或重要外來植物。另外對於台灣植物之組成、特有性及其親緣關係有詳細之說明。「台灣植物誌第二版」於2004年榮獲國際植物分類學會 (International Association for Plant Taxonomy, IAPT) 頒發「恩格勒銀質獎章」 (Engler Silver Medal)。 本書為臺灣師範大學出版匯集臺灣植物誌第二版出版後至2009年間，臺灣新種、新歸化及新紀錄植物。