大學為培養學生從事高深的學術研究，產學合作自然也應配合此一教育與學術研究目的盡力為之。如此，產學合作主要目的不在營利，以全盤的營利行為思考產學合作的制度設計，即為本末倒置。以本末倒置的思維，認知理解產學合作的法令解釋與政策方向，其結果也就不難發現眾多難以解釋的離奇、偏頗現象與不合理的處遇。如公務體系的處處制肘，教研人員的脫法與脫序行為，不可思議的學術嚴重歧視與差別待遇，不具專業的產學合作人員虛耗青春歲月與眾多資源，等等有待解決的問題與現象，雖有相關理論作為解決問題的方法與基礎，現實上也鬆綁眾多法令規範與約束，根本問題如大學制度沒有改變，充斥再多表象自由的產學合作業務，結果只是幫少數惡質學閥與行政職員提供玩法弄權與錢的手段而已。