動植物資源調查，目的是蒐集調查範圍內的生物組成、分布、族群量及棲地環境等資料，進而瞭解影響生物結構的因子，並提供環境保護與生物保育。特有生物研究保育中心自民國81 年成立以來，長期深耕於動植物資源調查的工作，累積了許多的野外調查經驗及專業知識。中醫藥研究所為全台灣唯一的國家級中醫藥研究公立機構，為發揚傳統醫藥，增進學術研究，教育以及種源保存等目的，選定新北市平溪區之天然環境，做為藥用植物園的基地。思考到在自然環境的開發利用之前，應該詳細暸解當地動植物現況及生態環境，而促成”衛福部國家中醫藥研究所國家藥園生物資源調查”之計畫，為期一年的生物資源調查提供國家藥用植物園詳細的動物基礎資料：哺乳類13科21種、鳥類20科48種、兩棲類4科13種、爬行類7科14種，和蝴蝶類5科53種，其中不乏台灣特有種、保育類野生動物，以及珍貴稀有保育物種。動物調查團隊將所調查之資料結合撰寫動物特徵、生態習性，已及拍攝動物生態，可做為園區發展及管理的輔助工具。