本手冊匯集多年的吳郭魚育種之研究與實作，進行吳郭魚遺傳改良研究成果編撰而成。內容由淺入深介紹吳郭魚育種之重要觀念與技術，利用科學化的育種及管理，有效提升養殖品系的經濟性狀，通過合理的計畫和方法，確保這些優良特徵在群體中穩定傳遞和表現。不僅為養殖業者提供了實用的育種指南，亦為未來的育種研究奠定了堅實的基礎，期望能為吳郭魚資源的永續利用及全球水產養殖業的長遠發展做出貢獻。

主編：曾福生(水產試驗所水產養殖組組長，已退休)、杜金蓮(水產試驗所水產養殖組副研究員)

吳郭魚 (Tilapia) 是全球水產養殖業中極具經濟價值的魚種之一，廣泛養殖於亞洲、非洲及拉丁美洲等地。根據聯合國糧食及農業組織 (FAO) 的資料，吳郭魚亦是世界上最重要的養殖魚類之一。其肉質鮮嫩，富含蛋白質、必需氨基酸、維生素及礦物質，具備極高的營養價值，且繁殖速度快、生長迅速，能在短時間內達到市場規格、滿足消費需求。此外，吳郭魚適應能力強，能夠在淡水與半鹹水環境中生長，且對環境條件的要求較低，使其得以在包括熱帶與亞熱帶地區的各種環境中廣泛養殖，成為當地居民的重要蛋白質來源。
近十年來 (2014－2023)，隨著水產養殖技術的持續進步，吳郭魚的養殖規模與產量穩定增長，年均產量達數百萬噸，成為全球市場上需求量最大的水產品之一。在臺灣，近十年來吳郭魚的年平均產量約為6萬公噸，年產值約50億元，除提供國內消費外，亦以冷凍魚片的形式出口，近十年來年均出口量約為2.2萬公噸，主要輸出國包括美國、澳洲及加拿大。
育種技術的發展顯著提升了養殖效率，進一步促進水產品供應的持續增長。通過育種選育環境友好型品種，例如餵食效率更高或對水質要求更低的魚類，不僅能降低水產養殖對環境的影響，還能促進產業的永續發展。此外，育種技術亦能開發出適應更廣泛環境條件的品種，確保水產養殖業的穩定與韌性。因此，育種已成為水產養殖產業不可或缺的一環。例如，挪威的水產養殖業透過多代選擇性育種，大幅提升大西洋鮭魚的生長速度、抗病性及飼料轉化效率，使挪威成為全球最大的鮭魚生產國之一。
由於吳郭魚具有高度適應性、廣大的市場需求，加上全球環保意識提升，其育種技術的重要性日益凸顯，亦成為提升吳郭魚全球競爭力的關鍵。養殖尼羅吳郭魚的遺傳改良計畫 (Genetically Improved Farmed Tilapia, GIFT) 即是一項專門針對吳郭魚的育種計畫。透過多代選育，GIFT品系的生長速率顯著提升，通常較未改良品系快20－30%。
在臺灣傳統養殖中，選擇生長快速的個體作為種魚是常見做法。然而，成長性狀屬於表現型，受基因與環境因素的共同影響。因此，僅依據外觀特徵進行育種，可能難以有效提升特定基因型的比例，亦可能因忽視基因多樣性而導致遺傳基礎狹窄。遺傳多樣性對維持養殖族群的健康與適應性至關重要，而不當的選殖方法可能導致近親交配，進而引發近交衰退，使後代生長速度下降、繁殖能力減弱、抗病性降低，並影響經濟性狀的穩定性。因此，在吳郭魚育種過程中，維持遺傳多樣性與合理的選配策略至關重要，以確保水產養殖業的長遠發展。
本手冊由農業部水產試驗所匯集了多年的吳郭魚育種之研究與實作，進行吳郭魚遺傳改良研究成果編撰而成。本手冊內容由淺入深介紹吳郭魚育種之重要觀念與技術，利用科學化的育種及管理，有效提升養殖品系的經濟性狀，還能通過合理的計畫和方法，確保這些優良特徵在群體中穩定傳遞和表現。本手冊的出版，旨在成為吳郭魚育種領域的重要參考依據，支持臺灣乃至全球吳郭魚產業的持續發展及技術創新。不僅為養殖業者提供了實用的育種指南，亦為未來的育種研究奠定了堅實的基礎，期望能為吳郭魚資源的永續利用及全球水產養殖業的長遠發展做出貢獻。

一、緣起 1
二、吳郭魚育種、養殖歷程與他山之石 3
(一) 吳郭魚育種歷程 3
(二) 品種混雜與近交衰退 3
(三) 水產養殖之育種管理 4
(四) 引種與後續管理 4
(五) 尼羅吳郭魚遺傳改良計畫 5
三、數量遺傳育種基礎 7
(一) 純系學說 7
(二) 基因型、基因型頻率、基因頻率與返祖現象 8
(三) 多基因假說 10
(四) 數量性狀與質量性狀的區別 10
(五) 系譜圖 11
四、育種的基礎與操作 14
(一) 種、品種與品系 14
(二) 雜交育種 15
(三) 育種操作 17
五、分子標誌輔助育種平台之應用 22
(一) 分子標誌種類 22
(二) 分子標誌輔助選拔育種必備條件 23
(三) 分子標誌輔助選拔之應用 24
(四) 基礎群與參照群之建構 25
六、整合相關技術應用於吳郭魚育種 27
(一) 吳郭魚育種－選育目標－體色 28
(二) 吳郭魚育種－選育目標－耐鹽 38
(三) 吳郭魚育種－選育目標－體色與體態的改良 39
(四) 吳郭魚育種－選育目標－體色與耐鹽的改良 41
(五) 尼羅品系之回交純化 43
(六) 極端選育之應用 50
七、結論 54