《兩岸政治爭議之研究》這本書，主要是針對兩岸政治爭議中之諸多議題，進行梳理及探討，期待未來兩岸關係發展能夠秉持「先經後政、先易後難」的原則，循序漸進，推進兩岸和平發展，共創人民最大利益。雖然兩岸政治爭議甚具敏感性與艱鉅性，因而對兩岸當局充滿相當大的挑戰，政治議題始終無法開啟，官方一軌談判遲遲無法進行對話，種種僵局都是起因於政治爭議所致，但對此爭議，我們並不能就此而忽視，故作者期盼透過本書，能夠提供兩岸現階段之政治及學術參考價值。
　　兩岸關係的發展與突破，在國民黨馬英九上任後，成效漸漸產生，開創兩岸交流的新世紀。隨著兩岸關係發展與交流，各項問題接踵而生，正考驗兩岸當局的智慧與耐性，本書主要是針對兩岸政治爭議中之諸多議題，進行梳理及探討，期待未來兩岸關係發展能夠秉持「先經後政、先易後難」的原則，循序漸進，推進兩岸和平發展，共創人民最大利益。雖然兩岸政治爭議甚具敏感性與艱鉅性，因而對兩岸當局充滿相當大的挑戰，政治議題始終無法開啟，官方一軌談判遲遲無法進行對話，種種僵局都是起因於政治爭議所致，但對此爭議，我們並不能就此而忽視，故作者期盼透過本書，能夠提供兩岸現階段之政治及學術參考價值。
　　雖然兩岸目前必然要暫先擱置政治爭議，然而學術界卻可以針對這些議題先行探討，以預先做好準備，期盼本書對於兩岸當局及有所研究者能夠有所參考，進而促使更健康、更正面的兩岸關係發展。
　　本書的價值在於：其一，作者以親身參加兩岸相關學術研討會經驗及從各方先進學者的觀點中得到啟發，將研究心得套於現實政治發展與互動；其二，本書主要從學術及政論雙角度來探討兩岸政治爭議，期盼對兩岸關係和平發展具有參考的價值；其三，本書是將兩岸過去四年來的互動，包括政治及事務性協商等議題進行探討梳理；並對諸如軍事互信機制建立、和平協議簽訂等議題進行議論，作者試圖透過系統性及學術性的探討，期能對學術產生微薄之貢獻；其四，作者提供對於相關政治議題之粗淺看法，期能使兩岸關係能夠邁入更深化、更鞏固的新階段。
　　本書所採取的研究方法，包括歷史研究法及文獻分析研究法。另外，本書同時夾以文獻分析研究途徑、SWOT理論及國際建制理論作為本書內容分析中的研究途徑。本書研究涉及兩岸關係、國際關係、政治學、意識形態研究、文化研究等領域，在相關領域既進行時間向度上的考察，又進行空間層面上之分析，以期全方位探討兩岸政治爭議。
　　本書分成五編：前言部分為作者對於本書撰寫之研究動機與研究目的，作者將近年來所撰寫之研究論文、期刊論文、會議論文及政論觀察加以整理改寫，分門別類，依序進行探討。
　　第一編為總論部分，主要探討兩岸關係發展與互動。包括臺灣馬政府兩岸政策、中國大陸對臺政治定位、臺灣對於大陸對臺政治定位之策略回應、從國家認同探討兩岸政治互信、中國大陸民族主義下的兩岸關係及兩岸核心利益之初探等議題進行論述。
　　第二編為兩岸軍事互信機制部分，主要從西方經驗之例出發，回歸到兩岸現實情況，將軍事互信機制之兩岸觀點及難點進行探討。
　　第三編為兩岸和平協議部分，同樣從西方之例出發，藉以探討簽署兩岸和平協議之特點，並將其本身之優勢、劣勢、機會及威脅進行探究，並參考兩岸先進們對於和平協議內容之擬訂，作者同樣亦擬訂出關於兩岸和平協議內容之草案，以期找出「以臺灣為主，對人民有利」之對我最有利之方案。
　　第四編部分為兩岸面對國際環境，其內容包括2012年日本眾議院大選對兩岸的影響、2012年美國總統大選的觀察與省思、釣魚臺東海問題及臺灣方面對於南海問題應採對策之評議。
　　第五編部分為兩岸未來的展望與期盼，包括兩岸穩步推進，  致力全面和平發展；十八大對臺工作的觀察與思考；深研十八大對臺內涵，找因應之道；初論十八大後政治協商壓力及不可逆的發展方向；兩岸應避免在國際上衝突之評議；兩岸關係互利發展的理論與實踐內涵之初探；影響民共關係之變因初探；《兩岸人民關係條例》修正之淺見；2012臺北會談後須強化兩岸互信以及兩岸領導人2013元旦談話之共識性探討與未來展望等。