本計畫第一年度(108年)，透過盤點評估後龍溪、烏溪主流、烏溪支流(北港溪、南港溪、眉溪)較合適之河段區位，進行地下水平衡分析，並擇選較佳位置進行地下水補注方案規劃檢討。
而第二年度(109年)，配合未來雲林地層下陷區防治計畫目標(109年度地下水保育管理暨地層下陷防治第3期計畫(110~113年))，評估區域為北港溪流域(北港溪及虎尾溪)，於地層下陷區域進行地下水補注之探討。第二年度除承襲第一年精神外並配合地層下陷防治，採取兩面向進行地下水資源保育，進而有效抬升地下水位，延緩雲林中部區域(虎尾、土庫、元長、大埤等地區)之地層下陷，進而有效抬升該地層下陷區域指標井之地下水位，達到地下水保育之目標。