自古以來即在靈領域守護日本、並統率所有陰陽師的皇一族，身為第13代當主的皇昴流，每天都忙於解決靈異事件。
　　其中有因憧憬成為明星來到東京，卻因夢碎自殺的女性靈。被現實傷害，逃入沉眠世界的青梅竹馬。厭惡平凡的自己，而相信自己有〈特別〉的前世，以安慰孤獨的少女們。因受到欺負，而求救於宗教的女高中生。昴流遇到的人們，他們的故事，總是帶著一點寂寞。昴流有時即便自己受傷，卻仍然以毫不逃避地面對他們。在他真摯的態度之下，當事者也一一得到拯救。
　　他的身邊總是跟著支持著他的雙胞胎姐姐?北都，和擁有溫柔笑容的獸醫?櫻塚星史郎。昴流雖然對星史郎抱著好感，星史郎的身分卻是同為陰陽師，將法術運用於暗殺的〈櫻塚護〉。年輕的星史郎曾在執行〈櫻塚護〉的〈工作〉時，被年幼的昴流看到，因此星史郎下了一個〈賭注〉。只要在再度相遇後的一年之間，星史郎覺得昴流是〈特別〉的，就放過昴流，如果沒有，就殺了昴流。但是昴流對於〈賭注〉的相關記憶卻完全被消除了。７年之後，如同被引導一般，昴流與星史郎再度相遇。他完全不知道自己的命運從此有了巨大的改變。
　　昴流．北都．星史郎。在三人思緒的交錯之中，故事朝著結束發展。〈賭注〉的最終期限到達時，昴流來到櫻花飛舞散落的場所，這是星史郎所施的法術之中。知道所有的事實之後，昴流驚愕不已。但是，這只是另一個故事的開始而已。 本書特色
　　『東京巴比倫』與『聖傳』同時並列為CLAMP初期之代表作。
　　相對於『聖傳』是以古代印度?婆羅門教的聖典『吠陀經』為主題的幻想作品，『東京巴比倫』則是完全迥異，是以東京為舞台，〈現代〉為主題的作品。作品的風格（表面上）大異其趣，也因此造成當時CLAMP迷大多分為『聖傳』派和『東京巴比倫』派。
　　『東京巴比倫』是CLAMP史上極具標示性的作品。對於慾望、悲傷、孤獨等普遍的主題，『東京巴比倫』提供的不是基於一般社會概念或倫理道德的〈一般性解答〉，而是以極為簡潔的言詞呈現出〈CLAMP式回答〉。集大成者即為第６集第８頁的扉頁上「根本沒有所謂的『大家』。」這句話。這種徹底尊重個人的想法，對於受社會風潮強迫不得不歸屬某一團體，深感疑問的讀者而言，不難想像是多麼激勵他們的訊息。這正可以說是CLAMP作品中共通的哲學吧。
　　本作品七本會發行限量精裝盒裝套書。