進行環境因子調查及生態調查，並擇定4處進行兩年共計8季之調查樣站，分別為箭瑛大橋（猴洞）、花蓮大橋（花蓮溪下游）、懷客橋及大馬堤防。由調查成果顯示，花蓮溪主、支流水質呈中等至中下，部分樣站受河水帶來之泥沙量或周邊農田排水影響，使水質較差；而連續24小時水溫量測結果除早晚量測溫差外，無測量到異常數值。植物種類以草本植物的多樣性最高，喬木植物次之，多為開闊地常見之物種，而歸隸屬性分析的結果，花蓮溪流域超過6成植物為原生種。陸域生物記錄珍貴稀有保育類10種，應予保育野生動物5種，特有種共17種，特有亞種25種，外來種記錄白尾八哥(Acridotheres javanicus)、家八哥(Acridotheres tristis tristis)及野鴿(Columba livia)3種。水域調查記錄魚類、底棲生物類、水棲昆蟲、浮游性藻類以及附著性藻類。