本計畫於二年度工作中分別選定高屏與嘉南地區進行集水區尺度地下水資源評估，由河川流量資料推估集水區上游地下水補注量變化，並針對平原區地下水位資料估算建議之區域地下水位管理標準，配合既有水利設施操作情況，以及地下水相關限制條件下綜合分析地下水開發場址區位，最後依計畫建立之地下水位管理標準評估地下水潛能開發量及對區域地下水之影響。 高屏地區年雨量由集水區內東南方最大約4,200 mm逐漸往西北方遞減至約1,600 mm；嘉南地區則是於集水區東部最大約3,200公釐逐漸往西部遞減至約為1,100公釐，統計分析河川流量成果顯示豐水期約在5月至10月之間，豐枯水期比率皆約為9:1。屏東平原河川退水係數K值介於31天至140天，平均值為67±30天；嘉南平原各流域之退水係數值結果介於8天至21天，平均值13±5天，顯示屏東平原集水區非拘限含水層之儲水能力明顯高於嘉南平原。而地下水補注量部份屏東平原每年地下水補注量約為7.54 億噸，嘉南平原每年地下水補注量約為3.45億噸。 本計畫分析適合地下水開發區域之篩選結果，顯示屏東平原以九如和大湖測站之連線以上之地下水可劃分為北區與南區，北區穩定開發區域為西勢、大湖、新威、旗山、九如、土庫及中洲等7個測站；南區測站為崁頂、新埤及新庄等3個測站。而嘉南平原以鹽水溪流域為界，鹽水溪(含)以北為北區，穩定開發測站排序依次為十份、北門、後港、永康、錦湖、平溪、柳營、龍昌、新化；鹽水溪以南為南區包括成功、仁和、省躬、岡山、楠梓、五林、大社，然嘉南平原水文地質條件不佳，綜合考慮地下水管制區、地層下陷嚴重區與人為開發嚴重影響區因素下，僅有柳營站與永康站為地下水適合開發區位。 為符合本計畫區水資源運用現況，本計畫以地面水水權資料估算剩餘地面水量，並配合地下水位洩降設定七項情境進行各測站地下水可開發量計算，成果顯示高屏溪流域地下水可開發量明顯高於嘉南平原，地下水出水能力最高依序為土庫、中洲、九如、新中與旗山站。嘉南平原部份柳營站與永康站所處之河系皆有部分期間地面水資源不足情況，且水質皆不佳，僅建議作為備援用水，以降低既有水資源系統於枯旱時期之供水壓力。