為因應原委外營運廠商大同世界科技公司於98年5月底契約滿後不再續約，本館98年上半年館務之推動，初步集中心力於兩案，其一為「OT案公告招商專案」，其二為「本館館務接管營運實施計畫」，兩案併行不悖。 在「委外營運案公告招商專案」部分，於98年4月期間依據促參條例進行招商，但無廠商投標，本館遂決意全力推動自行接管營運工作。　　在「本館館務接管營運實施計畫」部分，本館自98年2月起即成立「接管營運核心工作小組」，就（1）人力需求、配置與實務運作、（2）票務規劃、印製與實務運作、（3）總務（含外包業務）規劃與實務運作、（4）行銷規劃與實務運作、（5）暑假科教研習營隊規劃與實務運作、（6）人力報核與財務報核規劃與實施、（7）其他相關措施（如『契約屆滿之營運資產返還』）等面向進行接管、規劃，期間全館同仁無不犧牲假期，協力合作，以達成「穩健接管營運」為最高目標。在教育部支持、指導下，本館除承接原有科教核心業務，如「中小學科學展覽會」、「臺灣國際科學展覽會」、「大眾科學講座」、「陽明書屋戶外研習」、「科學之旅」、「行動科教館」偏鄉服務、「科學研習月刊」等出版品編印等工作外。　　更於98年6月1日正式接管營運後，陸續策劃「愛他，不HOT他－全球暖化與節能減碳特展」、「百樣生活科技特展」、「我們的身體－工作安全特展」等特展；開辦全新每季實驗室課程活動；舉行「大師秀科學、創意科學演示」系列講演活動；完成「臺灣網路科教館」開站及上線服務等重大館務。各項重大館務措施均賴全體同仁之協力合作完成，在在展現本館自行接管營運的能量與決心。